FileZilla ei välttämättä näytä oletuksena piilotiedostoja kuten .htaccess-tiedostoja. Nämä tiedostot saa näkyviin ohjelman asetuksista. WebFTP näyttää nämä piilotiedostot myös aina, joten sitä voi tarvittaessa käyttää myös suoraan näiden tiedostojen muokkaamiseen.
1. Valitse kohta Palvelin.
2. Valitse valikosta Pakota piilotettujen tiedostojen näyttäminen
3. Tämän jälkeen piilotiedostot, kuten .htaccess ja muut pistealkuiset tiedostot tulevat näkyviin kansiolistauksiin.